AI制药日报|头条:多样计算策略发现p38α−MK2分子胶
下一分子日报头条介绍一项结合自由能扰动与机器学习的研究,从多种化学来源配体中筛选并优先排序,识别出多个结构多样、高效力且高选择性的p38α−MK2分子胶。先导化合物14和28在人全血中达到覆盖EC50的暴露水平,并在脂多糖小鼠模型中口服给药后显著降低TNFα水平,结果基于摘要报告。
下一分子日报头条介绍一项结合自由能扰动与机器学习的研究,从多种化学来源配体中筛选并优先排序,识别出多个结构多样、高效力且高选择性的p38α−MK2分子胶。先导化合物14和28在人全血中达到覆盖EC50的暴露水平,并在脂多糖小鼠模型中口服给药后显著降低TNFα水平,结果基于摘要报告。
多伦多大学、Mila 等机构提出 SELECTBENCH,将目标与脱靶蛋白同时纳入评价,评测九种结构驱动小分子生成模型的选择性。
推荐理由:该基准把目标与脱靶口袋同时纳入评测,揭示生成模型在相近蛋白上的选择性短板与阈值取舍。
Space Generate首席技术官Sacha Javor参与的团队在苏黎世Boltz × AI4Science Zurich Hackathon的Boltz Challenge中获得第一名,该挑战要求针对8个化合物和约120个蛋白靶点预测化合物与靶点的活性。
ChemMedChem发表研究,用43个15-PGDH抑制剂评估Boltz-2的亲和力预测能力。在结构修饰保守的两个系列中,Boltz-2的Spearman相关系数为0.68,接近FEP+的0.64;但在探索新结合口袋区域的Series 3中,部分化合物效价最高提升约500倍,Boltz-2却将整个系列预测为弱于母体化合物。
推荐理由:该研究用43个15-PGDH抑制剂检验Boltz-2亲和力排序,显示姿势准确不等于排序可靠。
OpenBind联合OpenADMET与ASAP Discovery Consortium于2026年10月14日启动首届OpenBind盲测挑战,要求参赛者预测400个化合物与寨卡病毒NS2B-NS3蛋白酶形成的蛋白-配体复合物,化合物从小片段到类先导分子不等。
推荐理由:首届OpenBind盲测挑战以寨卡NS2B-NS3蛋白酶为靶点,用更严格的构象与物理有效性标准比较对接与共折叠方法。
Xeureka 的 Kazuya Ujihara 在 ChemRxiv 预印本中通过源码追踪和分层干预,分析开源 Boltz 2.2.1 的蛋白–配体亲和力推理通路,发现结构预测先决定 affinity crop,affinity pass 再对该 crop 重新扩散生成第二套结构,亲和力头读取的是这套结构而非用户看到的 written structure。
推荐理由:源码追踪拆出 Boltz-2 亲和力预测的三条信息通路,为判断结构模型是否真正利用结合几何提供可迁移的审计方法。