BioEmu2 全流程教程与实测：微软开源全原子生物分子结构与动力学模型
作者在 Linux + conda + NVIDIA RTX 4080 SUPER 上实测微软 BioEmu2 全原子扩散模型，对腺苷酸激酶 ADK 和肌红蛋白各生成 8 个初始候选、从同一起点推进 4 条轨迹，每条 20 次、每次 50 ns，覆盖 1 μs 模型时间，80 个推进端点全部通过几何检查。
推荐理由：作者在单卡上实测微软 BioEmu2 的结构预测与时间推进流程，给出可复用的参数设置与耗时数据。
#结构预测
BioAICraft精选AI 评分6060
BioAIDesign精选AI 评分5858 BioAIDesign 解析 pLDDT、ipTM 等结构预测评估指标并实操 foldmetrics
BioAIDesign 发布结构预测评估指南，逐层解释 pLDDT、PAE、pTM、ipTM、pDockQ、pDockQ2、ipSAE 与 LIS 等指标分别回答局部可信度、链间相对位置还是与参考结构的准确度，并指出 ipTM 0.9 不能换算成亲和力。
推荐理由：文章把结构预测的置信度、准确度与结合证据分层拆开，并给出可复用的汇总工具与判读顺序。
Roshan Rao精选AI 评分6565 Anthropic 称 Claude 为 30 多个开源生物分子模型优化推理，平均提速 4 倍
Anthropic 在 Science Blog 中称，Claude 为 30 多个用于分子结构建模、类药分子设计和基因突变效应预测的开源模型优化推理，平均提速 4 倍，部分通过编写 GPU 定制软件实现，并将全部优化代码开源。Roshan Rao 转发该内容并称，Anthropic 的工作显示折叠与结合剂设计可大幅加速；他所在团队也将 Claude 用于此类问题，模型训练 MFU 提升一倍。
推荐理由：Anthropic 用 Claude 为 30 多个开源生物分子模型优化推理，并开源优化代码，可作为评估模型推理加速路径的参照。
临港实验室精选AI 评分5555 临港实验室元生·开物发布AI原生制药工作台升级版
临港实验室元生·开物发布新版本，上线协作空间与OriBench Structure Viewer，支持多人多Agent协作、蛋白结构叠合与靶点注释，并开放自定义套件能力。
推荐理由：临港实验室发布元生·开物工作台升级，展示多模型配置在BiomniBench-DA上的对照结果与协作功能。
OpenFold精选AI 评分5858 NVIDIA BioNeMo 推理运行时公测，OpenFold3 在 H100 上提速超 2 倍
NVIDIA BioNeMo Inference Runtime 进入公开测试，这是一个基于 PyTorch 的开源库，用于在 NVIDIA GPU 上加速生物分子推理。OpenFold 转发称，由 MoAlQuraishi 与 OpenFold Consortium 开发的 OpenFold3 借助专用优化在 H100 等 GPU 上运行速度提升超过 2 倍；该运行时支持 Boltz-2、OpenFold2、Protenix v2 等模型的优化，并可通过 Ray 扩展 GPU 副本。
推荐理由：OpenFold3 在 BioNeMo 推理运行时上的加速数据，为结构预测模型的部署效率提供了具体参照。
Terray Therapeutics精选AI 评分5858 Terray 在 H100 上实测 NVIDIA BioNeMo 推理内核，TerraBind 三角注意力最高提速 7.1 倍
Terray Therapeutics 在 H100 GPU 上以自有生产架构 TerraBind 为基准，测试 NVIDIA 新发布的 BioNeMo Inference Runtime 内核（CuTeDSL），结果显示其比标准 PyTorch 注意力最高快 7.1 倍，比其现有优化内核栈 cuEquivariance 最高快 1.8 倍。
推荐理由：Terray 在自有生产架构上实测 NVIDIA 新推理内核，给出相对 PyTorch 与现有内核的加速幅度及适用规模。
Brian Hie精选AI 评分5858 Brian Hie：Proto 现已可在 ChatGPT 中使用
Brian Hie 宣布 Proto 现可在 ChatGPT 中使用，并给出用 Germinal 做从头纳米抗体设计、用 Evo 2 做语义设计的两个对话示例链接。他同时指向 OpenAI 开发者博客的 Rosalind Workbench 研究预览，该工作台把科学问题连接到专用模型、工具与可审查输出，覆盖蛋白结构与序列分析到测序流程。
推荐理由：作者展示 Proto 接入 ChatGPT 后的纳米抗体从头设计与 Evo 2 语义设计入口，可观察科研工作流如何被整合。
已经到底了